Die Machtübernahme der Nationalsozialisten wurde von den meisten Konventualen mit Skepsis betrachtet, auch wenn das Klosterleben von den politischen Ereignissen zunächst weitgehend unberührt blieb. Im April 1935 wurde dann ein Mitglied des Düsseldorfer Klosters, Pater Thomas M. Stuhlweißenburg OP (1881 – 1935), überraschend verhaftet. Stuhlweißenburg war zweimal Provinzial der deutschen Ordensprovinz gewesen (1920 – 1924 und 1928 – 1932). Zusammen mit seinem Nachfolger, Laurentius Siemer, und Pater Titus Horten OP (1882 – 1936), der für die dominikanische Mission in China zuständig war, wurde er beschuldigt, gegen die Devisengesetzgebung des „Dritten Reichs“ verstoßen zu haben. Am 31. Januar 1936 wurden die drei Dominikaner zwar in zweiter Instanz freigesprochen, aber Siemer war der einzige, der die Haft lebend verließ. Stuhlweißenburg hatte sich, stark zuckerkrank und den psychischen Belastungen der Haft nicht gewachsen, noch vor Beginn der ersten Gerichtsverhandlung in seiner Zelle erhängt, und Horten war sechs Tage vor dem Berufungsverfahren an einem akuten Herzleiden gestorben, das der Gefängnisarzt nicht richtig behandelt hatte. Während die deutsche Exilpresse vermutete, dass Stuhlweißenburg ermordet worden sei, versuchten die Düsseldorfer Dominikaner, den tragischen Suizid zu verheimlichen. Doch die Nachricht verbreitete sich schnell in der Stadt, und zu der Beerdigung des hochangesehenen Paters kamen so viele Menschen, dass die 2500 Totenbildchen nicht ausreichten und 4000 neugedruckt werden mußten, wie die Chronik berichtet.
Im September 1943 kam es im Kloster zu erneuten Verhaftungen. Diesmal wurde der Prior des Düsseldorfer Klosters, Pater Placidus M. Wehbrink OP (1899 – 1967), zusammen mit einer befreundeten Familie und dem französischen Dominikanerpater Alexandre Morelli inhaftiert. Sie waren denunziert worden, englische Rundfunksendungen, also einen verbotenen „Feindsender“, gehört zu haben. Dies lag insofern nahe, als Wehbrink in Dublin studiert und nach seiner Rückkehr zunächst als Englischlehrer am Ordenskolleg in Vechta unterrichtet hatte. Nachdem „die Gestapo in geradezu diabolischer Weise“ von allen Angeklagten „Geständnisse erpreßt bzw. erschlichen hatte“, wie der Provinzial in seinen Erinnerungen schreibt, widerriefen sie bei der Gerichtsverhandlung ihre Geständnisse wieder. Während Wehbrink und die Düsseldorfer Familie schließlich wieder freigelassen wurden, blieb Pater Morelli in „Schutzhaft“ und wurde schließlich in das Konzentrationslager Dachau deportiert, wo er 1945 die Befreiung durch die Amerikaner erlebte.
Die Räumlichkeiten des Düsseldorfer Klosters dienten in diesen Jahren des Zweiten Weltkriegs erneut als Lazarett. Nach und nach wurden alle jüngeren Mitbrüder, die nicht durch eine Stelle in der Pfarrseelsorge geschützt waren, zum Militär- bzw. Sanitätsdienst eingezogen; die anderen halfen bei der Pflege der verwundeten Soldaten mit und wurden dabei von einigen Ordensschwestern unterstützt, insbesondere von vertriebenen Dominikanerinnen aus Luxemburg, deren Kloster von der Gestapo beschlagnahmt worden war. Nachdem 1941 auch die Dominikanerkonvente in Köln und Walberberg „staatlich sichergestellt“, also ebenfalls beschlagnahmt worden waren, wuchs auch bei den Düsseldorfer Dominikanern die Sorge, ihr Kloster an der Herzogstraße verlassen zu müssen. Um die wertvolle Bibliothek sowohl vor dem Zugriff der Gestapo als auch vor den zunehmenden Bombardierungen zu schützen, wurden daher die meisten Bücher bei Freunden und Bekannten des Klosters ausgelagert. Die meisten Bücher überstanden dadurch unbeschadet die folgenden Kriegsjahre. Dagegen wurde in der Nacht vom 10. auf den 11. September 1942 die Klosterkirche von Brandbomben getroffen. Auch die Sakristei brannte aus, aber sie konnte zumindest provisorisch als Gottesdienstraum genutzt werden. Am 11. Juni und am 3. November 1943 wurde auch das Klostergebäude schwer beschädigt. Als eines der letzten Kriegsopfer in Düsseldorf wurde am 28. März 1945, also kurz vor dem Einmarsch der amerikanischen Truppen, Pater Willehad M. Hermes OP (1884 – 1945), der in der nahen Pfarrkirche St. Peter noch eine Messe feiern wollte, von einem Granatsplitter tödlich getroffen.
